本局表示，營利事業因未提示帳證，經稽徵機關依查得之資料或同業利潤標準核定其所得額，其對稽徵機關原核定、復查、訴願決定符合法定合法要件不爭執，而於提起行政訴訟時，始提示有關帳證、文據供核者，行政法院無命稽徵機關改以查帳核定所得額，而撤銷合法行政處分之權限與法律依據。

本局並舉出實例說明，甲公司95年度營利事業所得稅結算申報，列報營業淨利虧損新臺幣（下同）178萬餘元，經本局初查以其成本無法勾稽查核，按同業利潤標準淨利率核算營業淨利886萬餘元及應補稅額228萬餘元。甲公司不服，申經復查及提起訴願均遭駁回，猶有不服提起行政訴訟，主張原處分及訴願決定均未就營業成本無法勾稽具體指摘，即逕依同業利潤標準核定於法未合，且在行政救濟過程之中，如能補提相關帳冊，應准予查核云云，經臺北高等行政法院判決駁回。

該判決指出，納稅義務人對推計核定所得額之相關行政處分如有不服，於行政機關所進行之行政救濟程序（訴願）終結前，提示有關帳簿、文據供核者，原稽徵機關依上開法令即應予受理，否則各該決定即屬違背法令；當事人如對訴願決定所維持之推計核定之行政處分不服提起行政訴訟時……當事人就原核定、復查、訴願決定符合法定合法要件不爭執，而於提起行政訴訟時，始提示有關帳證、文據供核者，對於稽徵機關推計核定所得額程序之合法性既不生影響，納稅義務人亦無請求改以查帳核定之法律依據，行政法院自無命稽徵機關改以查帳核定所得額，而撤銷合法行政處分之權限與法律依據之意旨；甲公司於復查或訴願程序，經通知均未能提示完整之帳簿文據供核，該局乃以同業標準核算營業淨利……甲公司於訴訟中縱另行提出會計帳冊，請求重新審查核定；參照前揭說明，甲公司於訴訟中並無請求改以查帳核定之法律依據，遂判決駁回。

本局呼籲，營利事業於稽徵機關進行調查、復查或訴願時，即應及時提供帳證供查核，以免因未盡協力義務，致遭稽徵機關依查得之資料核定所得額之不利處分。