本局表示，營利事業發生投資損失時，依營利事業所得稅查核準則第99條第1款及第2款規定，應以實現者為限，並應檢具被投資事業之減資或清算證明文件始得列報。

本局指出，轄區內甲公司90年度列報投資損失7,500餘萬元，原查以其虛偽安排投資交易支付價款13,000萬元，依實質課稅原則，以其投資乙公司時乙公司資產淨值總額與乙公司股東會決議減資時資產淨值總額均為7,600餘萬元，核定投資損失為0元。甲公司不服，申經復查及提起訴願均遭駁回，循序提起行政訴訟及上訴亦遭駁回確定。甲公司仍表不服，以原確定判決有行政訴訟法第273條第1項第1款之再審理由，提起再審之訴，日前經最高行政法院判決甲公司敗訴。

依據最高行政法院判決意旨略以，甲公司於89年12月31日投資乙公司時，乙公司累積虧損為10,500餘萬元，該項損失既為甲公司投資乙公司前所發生，自非屬甲公司投資乙公司後並實際參與乙公司之經營所發生之損失，故甲公司投資乙公司後有無損失，自應以甲公司投資時乙公司之淨值與投資日後乙公司辦理減資時之淨值核算甲公司有無損失，因甲公司投資乙公司時之乙公司資產淨值總額，與乙公司股東會決議減資時資產淨值總額均為7,600餘萬元，甲公司投資後至乙公司議決減資時止，並無影響乙公司淨值之情事，甲公司並無任何損失發生，該局據以核定甲公司此部分投資損失為0元並無不合，乃判決甲公司再審之訴駁回。

本局特別呼籲，營利事業列報投資損失時，應以實現者為限，並依營利事業所得稅查核準則第99條第2款規定檢具被投資事業減資或清算證明等相關文件，俾免遭剔除補稅。