本局表示，稽徵機關核定製造業原物料耗用情形，係依照「營利事業所得稅查核準則」（以下簡稱查核準則）第58條各項規定逐一查核；其原料耗用查核之順序，首為記載詳備之有關帳證紀錄，次為按財政部核定之該業原物料耗用通常水準，再為比照相當之同業原料耗用情形，更次為上年度核定情形，末由稽徵機關調查核定之，以查核原物料有無超耗情事。

本局說明，轄區內甲公司係經營其他印染漂整業，91年度營利事業所得稅結算申報，列報營業成本1億2千8百餘萬元，因未依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法規定逐日就進料、領料、退料、產品、人工及製造費用等作成紀錄據以編製生產日報表，致該局無法依所附帳證按查核準則第58條第1項規定予以核實認定，乃依查核準則第58條第3項規定，按該業通常水準，核算原物料超耗4百29萬餘元予以剔除。甲公司不服，主張買進原料委託加工廠加工，惟加工廠非製造業，不需算損耗，未製作相關進領料表，況其已提示加工廠之出貨通知單及自有資料作成分析表，應符合查核準則第58條第1項規定云云，申請復查及提起訴願、行政訴訟，均遭駁回，日前經最高行政法院判決甲公司敗訴確定。

依據最高行政法院判決意旨略以，營利事業若未依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法設置帳簿，亦未編有生產日報通知單及成本計算表，則不符合查核準則第58條第1項依帳證核實認定原料耗用之規定，甲公司既自承未依前揭辦法規定製作相關帳簿紀錄，已無法提示帳證供核實認定，則稽徵機關依查核準則第58條規定，按財政部核定之該行業原物料耗用通常水準據以核定其原物料超耗，並予剔除應無違誤，乃判決甲公司敗訴。