本局表示，營利事業發生投資損失時，依營利事業所得稅查核準則第99條第1款及第2款規定，應以實現者為限，並應檢具被投資事業之減資或清算證明文件始得列報。

本局並舉出實例說明，甲公司95年度營利事業所得稅結算申報，列報投資損失新臺幣（下同）5千萬餘元，該局以其91年6月間將100﹪持股之長期投資A公司股權轉售予乙公司，乙公司於95年間與甲公司合併，嗣A公司於同年間辦理解散清算，A 公司與乙公司均為其100﹪持股之子公司，實際僅為組織調整之轉換持股，並非實際處分股權，系爭投資損失4千8百萬餘元並未實現，否准認列，核定投資損失6百萬餘元。甲公司不服，主張系爭投資損失係其於95年度與乙公司合併，乙公司持有A公司100﹪股權已變更為甲公司所持有，A公司並於95年度辦理解散清算，備有解散清算之證明文件云云，申經復查及提起訴願均遭駁回，猶有不服提起行政訴訟，經臺北高等行政法院判決駁回確定。

該判決指出，依營利事業所得稅查核準則第99條第2 款規定，投資損失應有被投資事業之減資或清算證明文件，甲公司雖已提出經我國駐外單位認證之清算證明及譯本，惟查該清算證明之記載為A公司已結束、債務已被支付及財產已被分給有資格者等語，並無A公司清算之財務狀況、剩餘財產究竟如何分配及資本返還情形，故其僅能證明A公司已辦理解散，仍未能證明A公司已實際辦理清算完結。甲公司雖補充經駐外單位認證簽署之A公司剩餘財產分配情形之證明書及其譯本，惟該會計師簽發之說明書及A公司95年11月30日之資產負債表，均非原始辦理清算之完整相關文件，仍乏解散清算前之公司帳載表冊等資料，以供本局查核其清算之辦理是否確實合法，甲公司未能提出足以佐證該等文書內容為真正之帳證資料，自難逕予認定確有已實現之投資損失。

本局呼籲，營利事業列報投資損失時，應以實現者為限，並依營利事業所得稅查核準則第99條第2款規定檢具被投資事業減資或清算證明等相關文件，俾免遭剔除補稅。