本局表示：為減少徵納雙方對合併案件之股份對價價值認定產生爭議，財政部98年11月30日發布台財稅字第09804902120號解釋令，明定應以確定換股比例時所定合併對價價值認定，亦即以存續公司於合併基準日實際入帳之收購成本金額為準，消滅公司應於合併基準日按前開規定計算股東之股利所得，依規定課徵所得稅。

本局進一步說明，財政部前於97年10月17日以台財稅字第09704552910號函釋，公司以股份為對價進行合併，其合併基準日在98年1月1日以後者，合併消滅公司所取得之合併對價超過其全體股東之出資額，其股東所獲分配該超過部分之金額，應視為股利所得（投資收益），依規定課稅，上述股份對價之價值，應依所得稅法第65條規定，以時價或實際成交價格為標準計算之。實務上，因稅法對「時價」未有明確規定，易發生課稅爭議。考量以現金為對價進行之合併，其現金對價之金額係根據合併雙方實際評價及議定結果所決定，故以股份為對價進行之合併，其價值亦應以相同標準認定，俾使二者課稅待遇一致，至於以股份為對價進行之合併，自雙方依評價結果決定換股比例起至實際合併基準日間，因市場因素發生之漲跌，如非屬其合併契約約定調整換股比例之事由者，應不影響既定合併總價及股份對價之價值，財政部因而發布解釋令，明定合併消滅公司股東獲配股份對價應以確定換股比例時所定合併對價價值認定，亦即以存續公司於合併基準日實際入帳之收購成本金額為準。

國稅局提醒合併消滅公司股東，如有經收回註銷股票之取得成本高於出資額（含股本、資本公積增資溢價及合併溢價），並依個別辨認法提示取得成本之證明文件者，得以獲配股份對價價值超過股票取得成本部分之金額為其股利所得，個人股東獲分配股份對價價值未超過股票取得成本者，其股利所得以0計算。納稅人宜特別留意此一新頒函釋，以維護自身權益。