本局表示，營業人若涉及短報或漏報銷售額遭稽徵機關查獲前，營業稅漏稅額計算之進項稅額扣抵方式，限於查獲時已申報之進項稅額，而在行政救濟案例中，營業人若涉及短報或漏報銷售額遭稽徵機關查獲時，往往主張計算漏稅額應將查獲時「已經發生」而尚未依法完成申報程序之進項稅額，亦可列為短、漏報銷項稅額之扣減金額，惟其主張顯係誤解現行營業稅法關於進項稅額之扣抵係採申報制，未經申報者即無法主張扣抵或退還。

本局指出，由加值型及非加值型營業稅法施行細則第53條規定觀之，進項稅額之申報有各種書表格式，故營業人於被查獲時雖提出合法之進項憑證，若非屬已申報者，自難據以主張有留抵稅額可供扣抵，否則無異讓營業人有無庸誠實申報營業稅之僥倖，將使我國營業稅制透過進、銷項之申報進行稽徵之制度破壞殆盡。

本局同時表示，我國營業稅原則上採加值型課徵方式，係就銷項稅額與進項稅額之差額課徵之，依加值型及非加值型營業稅法第35條第1項及同法施行細則第29條規定進項稅額之扣抵採申報制，故計算同法第51條第3款漏稅額時所得扣減者，限於稽徵機關查獲前已申報之進項稅額，上開說明，除經財政部89年10月19日台財稅第890457254號函明釋外，最高行政法院96年判字第1403號判列及司法院釋字第660號解釋亦採相同見解。準此，營業人之進項稅額准予扣抵或退還，應以已申報者為前提，故以後發生之同類案件，營業人自不得為歧異之主張，而片面要求稽徵機關將未依規定申報之進項稅額減除。