本局表示：依據98年1月21日公布修正之所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱之藍色申報或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。符合前揭盈虧互抵規定之營利事業於本法98年1月6日修正條文施行前經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完者，於修正施行後，適用修正後之規定。

本局表示，該條文修正前後主要之差異在於將營利事業各期虧損之盈虧互抵年限由5年延長為10年，使營利事業所得稅之徵課更加合理公平。依據財政部98年2月11日台財稅字第09804513590號函釋，符合所得稅法第39條第1項但書規定之公司，其經稽徵機關核定之92年度以後（含92年度）虧損，尚未依法扣除完畢者，於98年5月1日至6月1日辦理97年度營利事業所得稅結算申報時，得適用修正後之規定。

本局提醒營利事業於98年1月6日所得稅法修正施行後辦理營利事業所得稅結算申報時，宜特別留意此一法令變革，以維護自身權益。