本局指出，本局轄內行政院所屬某事業單位係經核准採用直接扣抵法之兼營營業人，於91至93年底應採用「兼營營業人申請核准採用直接扣抵法營業稅額調整計算表」計算稅額，誤用「兼營營業人營業稅額調整計算表」，致使年底當期營業人銷售額與稅額申報書（403）稅額計算時多列年底調整應退稅額，造成漏報營業稅額1,839,630元，經核定補徵營業稅額1,839,630元，並處0.5倍罰鍰919,800元。該事業單位主張因誤算各年度不得扣抵比例調整稅額，致漏報營業稅額，非故意逃漏稅捐，係基於信賴保護原則且無故意或重大過失之虛偽或不實陳述行為，依行政罰法第7條請求免予處罰，經復查、提起訴願均遭駁回，提起行政訴訟亦經判決駁回在案。

本局表示，依稅務違章案件減免處罰標準第15條第2項第4款所規定：「營業人依兼營營業人營業稅額計算辦法規定，於每期或每年度最後一期按當期或當年度不得扣抵比例調整計算稅額時，因計算錯誤，致短報、漏報稅額者，按所漏稅額處0.5倍之罰鍰。」本件臺北高等行政法院判決指出，該事業單位違章事實已甚明確，其主張係因本局宜蘭縣分局行政指導，致有誤用計算表，並未舉證以實其說；又行政法上信賴保護原則之適用，原則上係指授益行政處分之撤銷或廢止，或行政法規之廢止或變更等情形，本件該事業單位提出之申報書、稅額調整計算表、進項稅額分攤明細表等件影本均係自行申報內容，並無經本局審核之資料，是其自亦不得以本局未即時糾正，得為其主張違反信賴保護原則之論據；再查該事業單位前於91年7 月間即有同一誤用表格漏報營業稅情事，則91年11月至93年12月間又因同一誤用表格原因致生漏稅事實，縱無違章之故意，亦有應注意營業稅之申報程序且無不能注意情事，竟疏未注意之過失，將本件判決駁回。