公司適用盈虧互抵規定，虧損年度之投資收益應先抵減虧損後再以餘額自本年度純益額中扣除

本局指出，營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前5年內各期核定虧損者，應將各期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
本局最近查核轄區內一家公司95年度營利事業所得稅結算申報案，發現該公司申報適用所得稅法第39條規定，將前5年內核定虧損2千4百餘萬元，自全年所得額中扣除，惟經查該公司於92及93年度取得免計入所得課稅之投資收益計6百餘萬元，依據財政部66年3月9日台財稅第31580號函規定：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（現行規定5年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」乃調整減少該公司前五年內核定虧損6百餘萬元，除補徵稅額1百餘萬元外，並自結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅額之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
本局特別籲請營利事業在申報營利事業所得稅時，除依照所得稅法規定外，應再參酌相關法規及解釋令規定，以免影響自身權益。