營業人取得涉嫌虛設行號涉案期間開立之統一發票申報扣抵銷項稅額，應就交易雙方之進、銷貨情形覈實查核，加強違章事證蒐集之舉證責任

本局表示，因應財政部95年5月23日台財稅字第09504535500號函令及行政罰法第7條規定，不能再依司法院大法官會議議決釋字第275號推定過失予以處罰，舉證責任轉由稽徵機關負擔，營業人取得涉嫌虛設行號涉案期間開立之統一發票申報扣抵銷項稅額，應就交易雙方之進、銷貨情形覈實查核，加強違章事證蒐集之舉證責任，惟依行政訴訟法第136條準用民事訴訟法第277號前段規定，當事人主張有利於己之事實者，應就其事實有舉證之責任。
本局表示轄內營業人涉嫌於88年間取具虛設行號甲公司所開立之統一發票，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，虛報進項稅額乙案，依臺北高等行政法院判決駁回營業人之訴，判決理由為營業人主張有向甲公司購入勞務之事實，除提出工程合約、統一發票及營業人製作之支付款明細表為證外，別無其他證據，前開文據屬私文書，其形式及實質內容之真正，尚待營業人為證明，自難僅憑前開文書或憑證，即認營業人所稱其交易對象確為甲公司等情屬實；再者甲公司登記營業項目與承攬工程不符尚有疑義，甲公司取得虛開之進貨發票占總進貨比例高達70%，且營業人提領現金金額、日期與開立統一發票之紀錄不相符，依舉證責任分配原則，本件事實不明所生之不利益，自應歸屬於負舉證責任之營業人負擔。
本局同時表示依臺北高等行政法院判決駁回意旨：「有關課稅處分之要件事實，基於依法行政原則，為權利發生事實者，如營業稅有關銷售額計算基礎之銷項收入，依上開規定，固應由稅捐稽徵機關負舉證責任，惟進項稅額則因在計算營業人實際應納稅額時，列為計算之減項，屬於權利發生後之消滅事由，故有關進項稅額存在之事實，不論從證據掌控或利益歸屬之觀點言之，均應由主張扣抵之納稅義務人負擔證明責任。」及司法院大法官議決釋字第537號解釋「租稅稽徵程序，稅捐稽徵機關雖依職權調查原則而進行，惟有關課稅要件事實，多發生於納稅義務人所得支配之範圍，稅捐稽徵機關掌握困難，為貫徹公平合法課稅之目的，因而課納稅義務人申報協力義務。」故稽徵機關應依職權調查課稅事實，而營業人仍需就交易情形負擔租稅協力義務。