公司於清算完結，將表冊提請股東會承認後，有欠繳稅款的公司在清算程序中，清算人仍須實質依法辦理清算事務，始為合法清算完結，所欠稅款才可註銷；否則縱經法院為准予清算完結備查，仍不生清算完結之效果。

財政部臺灣省中區國稅局表示，邇來受理許多公司以其清算事務業經法院准予清算完結備查為由，申請註銷欠稅。但國稅局仍會審查公司的清算程序有沒有合法清算完結，如果有多項清算事務未了而未完成合法清算，當然不生清算完結之法律結果，法人人格仍未消滅，所欠稅款當然不能註銷。
該局進一步說明，依公司法以及民法的規定，解散之公司，於清算範圍內，視為尚未解散。而且公司在清算之必要範圍內，視為存續。而公司於清算結束，將表冊提請股東會承認後，依規定應向法院聲報備查，惟向法院聲報，僅為備案性質，法院所為准予備查之處分，並無實質上之確定力，所以公司清算是否發生清算完結之效果，應視是否完成合法清算而定，而所謂合法清算完結係指清算人就清算程序中應為之清算事務，實質全部辦理完畢而言，如公司仍有現金及銀行存款，清算人明知公司尚有積欠稅款，而將現金及存款先行償還公司其他普通債務，或分配予股東；或者公司在清算過程中還有機器設備、存貨或其他應處分之資產未作處分，就是沒有依照法定程序辦理清算事務，縱經法院准予清算完結備查，仍不生清算完結之效果，國稅局是不會將公司所欠稅款註銷。
所以欠稅之公司是否依法解散清算，且無賸餘財產可資抵繳欠稅，應由主管稽徵機關就具體個案之事實判斷之。不要以為已經向法院聲報清算完結，經法院准予備查，就已經合法清算完結，可以向主管稽徵機關申請註銷欠稅，其實這是錯誤的觀念。國稅局建議，公司進入清算程序，清算人還是要依法辦理清算事務，配合主管稽徵機關合法清算完結，倘已無賸餘財產可資分配，所欠稅款當然可以註銷。
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