納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，未於繳納日起5年內申請退還，不得再行申請。

有關因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，財政部曾發布解釋函令，認為如屬稽徵機關發現錯誤或溢繳之案件，而本於職權自動更正退還者，應不受5年期間之限制，因該解釋函令與稅捐稽徵法第28條規定不合而未再編入稅捐稽徵法令彙編，亦即不得再適用。因此，對於稽徵機關或納稅義務人因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，納稅義務人應於繳納日起5年內主動向所轄稅捐稽徵機關申請退還，逾此期限未申請者，則不得再行申請。
中區國稅局特別說明，所得稅法第15條第2項賦予納稅義務人得自行選用對其有利之計算方式計算應納稅額，納稅義務人申報後始發現非選擇最有利之計算方式時，亦屬「計算錯誤」之範圍，依稅捐稽徵法第28條之規定，納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5年內提出具體證明申請退還；逾期未申請者，將不得再行申請。最近最高行政法院作成95年度判字第415號判決，即認為稅捐稽徵機關通常於所得稅申報案件，就「配偶間所得單純合併申報」或「薪資所得分開計算，其他所得合併計算」兩種計算方式中，選擇最有利於人民之稅額核定方式，然納稅義務人不得據以主張該行政慣例長期實施結果即足以形成人民之信賴，並排除稅捐稽徵法有關退稅請求權消滅時效之適用。如有疑問歡迎利用該局免費服務電話
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