夫妻分居無法合併申報綜合所得稅，應於結算申報書內載明配偶關係，以免遭補稅處罰。

財政部臺灣省中區國稅局表示：夫妻應合併申報綜合所得稅，惟若有分居事實無法合併辦理申報時，則夫或妻須於綜合所得稅結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明已分居，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報。
該局以最近受理的復查案為例，其轄內納稅義務人林君有所得未辦理綜合所得稅結算申報，其配偶於結算申報書內載明分居及林君姓名、身分證統一編號單獨申報，經該局以未辦結算申報之林君為違章主體，依所得稅法第110條規定補稅送罰，納稅義務人不服，申經復查仍遭駁回。
該局指出，夫妻分居，如僅一方辦理綜合所得稅結算申報，且據實於結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號單獨申報，不論有無說明『業已分居』字樣，均准以未辦結算申報之一方為違章主體；倘夫妻均未辦理綜合所得稅結算申報，如經查明夫妻確已分居，且其中一方當年度所得符合免辦結算申報標準時，稽徵機關將以未依法辦理結算申報之另一方作為補稅及送罰之違章主體。該局特別籲請夫妻分居之納稅義務人注意相關規定，以維護自身的權益，如有疑問，歡迎利用該局免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠為您服務。（提供單位：法務二科林郁慧，電話：04-23051111轉1923）