一、營利事業辦理98年度營利事業所得稅結算申報，應依98年11月18日修正發布所得稅法施行細則第61條之1第4項規定，依其87年度至98年度實際繳納之營利事業所得稅、分配股利或盈餘情形及實際自所得稅法第73條之2所定股東(以下簡稱非居住者股東)獲配股利淨額或盈餘淨額之應扣繳稅額中減除之未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅稅額等相關資料，核實填報其截至98年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅之餘額，並檢附相關計算表，由稽徵機關審查認定。
二、營利事業無法依前開規定核實填報者，應依98年度營利事業所得稅結算申報書第17-1頁附件格式及填表須知計算填報；其未依規定辦理，由稽徵機關依查得資料核定者，亦同。附件格式之相關計算規定如下：

(一)「當年度所得稅法第73條之2所定股東之持股比例(E)」以四捨五入計算至小數點以下第4位為止，以百分比表示。
(二)「分配予居住者股東應自未分配盈餘加徵10%稅額中減除之金額(10)」及「其他股東可扣抵稅額帳戶減除項目應自未分配盈餘加徵10%稅額中減除之金額(11)」，計算至元，元以下四捨五入。
(三)「實際分配予非居住者股東抵繳其應扣繳稅額之金額(12)」欄，應依當年度各類所得扣繳暨免扣繳憑單申報書所載之股利或盈餘抵繳稅額合計數填寫，如前開申報書未填載或填載不正確，仍應以當年度實際分配予非居住者股東抵繳其應扣繳稅額之金額為準。前開抵繳稅款之金額經稽徵機關查獲有多計可抵繳稅額之情形，致短扣應扣繳稅額但已補繳該稅額，或營利事業自動補繳短扣之稅額者，以依前開補繳稅額後之實際抵繳金額為準。
(四)依附件格式計算截至98年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅之餘額，如大於同日股東可扣抵稅額帳戶期末餘額，應以該帳戶期末餘額為限。

三、營利事業未依前二點規定填報，經稽徵機關依查得資料核定之餘額為負數者，稽徵機關應函請營利事業依規定期間提供第1點規定之相關資料及計算表，據以核實計算其餘額；營利事業逾期未提供者，稽徵機關應依查得資料核定。

四、營利事業之股利或盈餘分配日在本部96年10月22日台財稅字第09604545780號函發文日至98年12月31日間，但未依該函規定計算得抵繳非居住者股東獲配股利淨額或盈餘淨額應扣繳稅額之金額，致多計可抵繳稅額之案件，未經稽徵機關查獲者，稽徵機關應加強輔導扣繳義務人於99年5月31日以前，依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補繳短扣之稅額並補辦扣繳申報，並自原定應扣繳稅款繳納期限屆滿之次日起至補繳短扣稅額之日止，按日加計利息一併徵收，免依所得稅法第114條規定處罰；其於99年6月1日以後，經稽徵機關查獲者，無上開加計利息免罰規定之適用。

五、依前四點規定填報或核定之餘額仍為負數者，以該負數為營利事業99年度之期初餘額，並以其繼續繳納之未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅稅額沖抵，至其餘額為正數時，始得依規定計算得抵繳非居住者股東獲配股利淨額或盈餘淨額應扣繳稅額之金額。