主旨：

獨資資本主將所得之盈餘總額及合夥事業合夥人將應分配之盈餘總額併入其綜合所得課時，獨資、合夥事業應繳納之營利事業所得稅扣抵綜合所得稅之處理原則（財政部87.8.13台財稅第八七一九五四一七八號函）。

說明：

一、獨資、合夥事業已依所得稅法第七十一條規定辦理當年度營利事業所得稅結算申報並繳納稅款者，其資本主或合夥人於辦理同年度綜合所得稅結算申報時，應將獲配之盈餘總額一併申報，並依同條第三項規定，辦理扣抵。該等案件嗣後核定增加課稅所得額因而補稅者亦同。

二、獨資、合夥事業屬小規模營利事業，其營利事業所得稅係依查定資料，由稽徵機關逕行核定者，則由稽徵機關將核定之獨資、合夥事業之盈餘總額（即核定之營利事業全年所得額），直接歸併其資本主或合夥人之綜合所得總額，核定其綜合所得稅。至於該獨資、合夥事業應納之營利事業所得稅及其資本主或合夥人應納之綜合所得稅，其課徵方式如次：

１、綜合所得稅核定應補（退）稅額（獨資、合夥事業應納之營利事業所得稅尚未自綜合所得稅核定稅額中減除）大於或等於獨資、合夥事業應納之營利事業所得稅者，則將獨資、合夥事業應補之營利事業所得稅與其資本主或合夥人應補之綜合所得稅分別開單，一次通知該資本主及合夥人繳納。本次應補營利事業所得稅額以核定應納營利事業所得稅與結算已自行繳納營利事業所得稅之差額為準；本次應補綜合所得稅，以核定應補綜合所得稅與核定應納營利事業所得稅相抵後之餘額為準。（範例一、二
２、綜合所得稅核定應補（退）稅額（獨資、合夥事業之營利事業所得稅尚未自綜合所得稅核定稅額中減除）小於獨資、合夥事業應納之營利事業所得稅者，本次應補（退）稅額，以綜合所得稅核定應補（退）稅額及獨資、合夥事業應納之營利事業所得稅之差額與獨資、合夥事業應納之營利事業所得稅相加後之餘額，發單補徵或退還資本主或合夥人之綜合所得稅。（範例三、四）

三、獨資資本主或合夥事業合夥人未辦理綜合所得稅結算申報，致稽徵機關無法將核定之獨資、合夥事業之盈餘總額歸併其綜合所得總額計算課稅者，按獨資、夥事業核定應納之營利事業所得稅發單補徵。

四、檢附獨資、合夥事業應繳納之營利事業所得稅扣抵綜合所得稅範例四則。八十七年度綜合所得稅申報實例說明納稅義務人申報資料：

１、納稅義務人林國恩，配偶李美美，有年滿六十歲父親林東雄、未滿二十歲之子林政隆、女林素玉。林國恩在八十七年度有大華股份有限公司薪資收入720,000元，扣繳稅款16,000元。
２、林君八十七年度綜合所得稅總額為720,000元，已扣繳稅款16,000元，可以申報減除之扣除項目計：
(１) 免稅額：本人、配偶暨扶養親屬共五人，每人72,000元，計360,000元。
(２) 薪資所得特別扣除額：本人扣除60,000元，計60,000元。
(３) 標準扣除額：夫妻合併申報可扣除65,000元。
以上扣除項目合計485,000元。
３、林君之綜合所得淨額為所得總額減扣除項目合計，為235,000元。
４、林君於八十八年三月一日辦理八十七年度綜合所得稅結算申報時，結算應納稅額為14,100元，減除扣繳稅款16,000元後，申報退還稅額為1,900元。
235,000×6％＝14,100
14,100－16,00＝－1,900

範例三：

１、稽徵機關於八十八年十二月核定林君八十七年度綜合所得稅，核定增加下列所得資料（詳稅額計算說明）：
(１)林東雄君經營東東食品行營利事業課稅所得額141,696元，應納營利事業所得稅額25,424元。(B)
(２)林國恩申請增列年滿六十歲之母陳麗麗為扶養親屬。
２、林國恩君八十七年度綜合所得稅核定結果，核定綜合所得稅應補稅額4,181元。(A)
３、本次應補綜合所得稅4,181元計算如下：
（4,181－25,424）＋25,424＝4,181

範例四：

１、稽徵機關於八十八年十二月核定林君八十七年度綜合所得稅，核定增加下列所得資料（詳稅額計算說明）：
(１)林東雄君經營東東食品行營利事業課稅所得額141,696元，應納營利事業所得稅額
25,424元。(B)
(２)林國恩申請增列年滿六十歲之母陳麗麗為扶養親屬。
２、林國恩君八十七年度綜合所得稅核定結果，核定綜合所得稅應補稅額4,181元。(A)
２、林國恩君八十七年度綜合所得稅核定結果，核定綜合所得稅應退稅額959元。
３、本次應退綜合所得稅959元計算如下：（－959－3,014）＋3,014＝－959
註：範例三、四係應補綜合所得稅＜應納營利事業所得稅額之情形
註：自財政部87.10.27台財稅第八七一九六六一一七號函發文之日起停止適用。